... zwei Schritte zurück
Mit dem 16. Jahrhundert brachen für die Kölner allerdings schlechte Zeiten an. Sowohl 1507 als auch 1512 wurden die beiden Bürgermeister im Verlauf innenpolitischer Auseinandersetzungen ermordet. 1520 wurden die Schriften Martin Luthers offiziell verbrannt. 1525/26 erschütterten Ausläufer des großen Bauernkrieges in Süddeutschland die Stadt.
Drei Jahre später wurden auf der Hinrichtungsstätte Melaten die Protestanten Peter Fliesteden und Adolf Clarenbach verbrannt. Der Kölner Erzbischof Hermann V. von Wied, der dieser Hinrichtung und später auch der Verbrennung lutherscher Schriften auf dem Domhof noch tatenlos zugesehen hatte, versuchte ab 1540 selbst die Reformation durchzusetzen.
Ignatius von Loyola, Gründer des der Gegenreformation verpflichteten Jesuitenordens, schickte 1542 den Savoyarden Petrus Faber nach Deutschland. Dieser gründete mit elf Kölner Studenten die erste Jesuitengemeinschaft auf deutschem Boden.
1547 trat der konvertierte Erzbischof Herrmann zurück, um ein Blutvergießen seiner Anhängerschaft zu vermeiden. Erzbischof Gebhard II. erging es später ähnlich: 1582 konvertierte er und verkündete die Religionsfreiheit. Nachdem das Domkapitel einen Jesuiten zum Gegen-Erzbischof ernannt hatte, kam es 1583–88 zum Kölner Krieg, den Gebhard verlor.
Den traurigen Tiefpunkt des Jahrhunderts für die Stadt bildete jedoch die Kapitulation vor der ganz großen Aufgabe: 1560 wurden die Arbeiten am Torso des Domes eingestellt – ein klares Zeichen, dass in Köln der Anspruch und die wirkliche Größe immer weniger zusammenpassten. Und das, obwohl im Vertrauen auf den Handel 1553 die Kölner Börse gegründet worden war; eine der ältesten Börsen der Welt. Der unvollendete Südturm des Domes mit seinem weithin sichtbaren Baukran prägte nun fast drei Jahrhunderte das Stadtbild.