St. Cäcilien wurde lange für die Kirche gehalten, an deren Stelle einst der „Ur-Dom“ von Köln stand. Mit dieser, wenn auch falschen Vermutung fiel ein wenig Glanz auf ein Gotteshaus, das ansonsten bitter darum kämpfen musste, anerkannt zu werden.

St. Cäcilien gehörte zu einem im Jahre 888 gegründeten Nonnenkloster, das immer wieder Finanz- und Personalsorgen hatte. Unter den Erzbischöfen Wichfried und Bruno kam es im 10. Jahrhundert nach drängenden Bitten der Geistlichen zu Stiftungen für den Neubau einer bescheidenen Kirche. Von diesem ottonischen Gotteshaus ist noch die Krypta erhalten.

Nach zwei Jahrhunderten wurde der ottonische Bau zum größten Teil dem Erdboden gleichgemacht, um einem romanischen Nachfolger zu weichen. Es entstand die dreischiffige Pfeilerbasilika St. Cäcilien.

Besonderheit in St. Cäcilien ist ein kleiner Okulus (kreisförmige Fensteröffnung) in der Wand des ausgebauten Chores, durch den das einfallende Sonnenlicht genau auf den Altar gelenkt wird.

Im 15. Jahrhundert übernahmen Augustinerinnen St. Cäcilien. Sie ließen einige bauliche Veränderungen vornehmen. Nach den Zerstörungen des Zweiten Weltkrieges wurden diese aber nicht rekonstruiert. Daher hat St. Cäcilien bis heute ungefähr seineForm aus dem 12. Jahrhunderts bewahrt.

Das Nordportal von St. Cäcilien zeigt noch einen romanischen Tympanon aus dem 12. Jahrhundert. Zu sehen sind die heilige Cäcilia mit ihrem Bräutigam Valerianus und dessen Bruder Tiburtius.

Seit 1956 befindet sich in St. Cäcilien das Museum Schnütgen. Es hat in St. Cäcilien einen würdigen, wenn auch etwas zu engen Raum gefunden.

Ganz und gar hat das Museum aber noch nicht von St. Cäcilien Besitz ergriffen. Zu Weihnachten und zum Namenstag der Heiligen am 22. November wird hier noch eine Messe gelesen.